在土地重劃的場合下，易言之就是「破壞」及「重建」，那原本在土地上的權利要怎麼處理，要怎麼保障權利人、義務人及公益，必定是需要解決的重要議題。
權利清理概略可分為三種：
再往下講，各權利類型又因其權利特性而有不同的解決方式（以平均地權條例為主）：